Muzeul este deschis vizitatorilor din 1875. Ca instituţie ştiinţifică, Muzeul Naţional Secuiesc şi-a propus cercetarea şi prezentarea comunităţii şi a memoriei culturale regionale din Ţinutul Secuiesc. Data care figurează în ştampila muzeului, 1879, reprezintă anul în care instituţia a devenit bun public al comunităţii secuieşti. În prezent funcţionează ca muzeu regional finanţat de Consiliul Judeţean Covasna şi constituie un important obiectiv turistic al acestui judeţ, cât şi al întregului Ţinut Secuiesc.
Clădirile Muzeului, proiectate de Károly Kós, aflate pe strada cu acelaşi nume din municipiul Sfântu Gheorghe găzduiesc biblioteca, secţia de ştiinţele naturii, cea de arheologie-istorie şi cea de etnografie. În afara acestor secţii, mai aparţin de complexul muzeal şi câteva unităţi externe cu sediul în Sf. Gheorghe (Galeria de Artă şi Centrul de Arte Plastice) şi în judeţ (Tg. Secuiesc, Cernat, Baraolt şi Zăbala).
I. Secţiile interne
Alături de biblioteca de specialitate, extrem de utilă în munca de cercetare şi documentare a instituţiei, secţia gestionează colecţii de carte veche, arhiva presei de epocă şi alte colecţii speciale. Cel mai valoros obiect, Codicele Apor conţine psalmi din prima traducere maghiară a Bibliei (sec. al XV-lea). Traducerea amintită este a patra după vechime în rândul operelor literare maghiare păstrate.
Deţine peste 60.000 de obiecte, printre care una din cele mai reprezentative colecţii paleontologice de mamifere pliocene şi cuaternare din Europa Centrală şi de Est, una din cele mai mari colecţii de ciuperci din România şi colecţia de fluturi „Diószeghy” cu peste 23.000 exemplare. De numele specialistului entomolog din această secţie se leagă descoperirea unor specii noi pentru ştiinţă.
Colecţiile de arheologie numără peste 50.000 de obiecte. Muzeul s-a făcut cunoscut în primul rând datorită cercetării culturii neolitice-eneolitice Ariuşd. Expoziţia de bază arheologică prezintă cultura materială a regiunii pe o durată de 35.000 de ani.
Colecţiile de istorie cuprind, între altele, mărturii privind rolul militar al secuimii în evul mediu, relicve paşoptiste, mobilă şi sticlă de valoare considerabilă din punct de vedere al istoriei culturii şi civilizaţiei din această zonă.
Deţine peste 15.000 de obiecte, între care broderii domneşti din sec. XVII–XVIII, de o bogăţie unică în Transilvania, o importantă colecţie de cahle şi de ceramică, mobilă veche sculptată sau pictată, respectiv colecţia jucăriilor populare tradiţionale. O expoziţie în aer liber prezintă, alături de porţi secuieşti şi stâlpi funerari sculptaţi, o casă veche (1767) din zona Ciuc, mobilată parţial cu piese originale.
II. Unităţi externe
Ca secţie autonomă de artă plastică, cu sediul în clădirea „Bazarului” din centrul oraşului, Galeria gestionează şi expune sculpturi şi grafică din sec. XIX–XX. Expoziţia de bază „Panteon” conţine opere de Miklós Barabás, Jenő Gyárfás, Imre Nagy, artiştii coloniei de artă de la Baia Mare, Nándor Lajos Varga, Sándor Plugor şi alţii.
Secţia înfiinţată în 2012 cu funcţia de muzeu al artei plastice contemporane gestionează piesele create după 1945 a artiştilor originare din Transilvania. În expoziţia de debut al secţiei au fost expuse lucrările (sculpturi, picturi, grafică, textile) lui Albert Nagy, Hans Mattis-Teutsch, Imre Baász, Sándor Plugor, István Gergely, Péter Jecza, Pál Nagy, Ferenc Sükösd, Gazdáné Olosz Ella, Zoltán Hervai, Borbála Bocz, András Kós.
Găzduieşte colecţii şi expoziţii valoroase din istoria oraşului, a breslelor şi a meşteşugurilor. Alături de utilaje de intervenţie ale pompierilor din sec. XIX–XX, Muzeul Breslelor se laudă şi cu o celebră colecţie de păpuşi în port popular, „Zsuzsi şi Andris”, (peste 350 exponate). Specialiştii Muzeului au făcut un punct de atracţie al oraşului şi din Studioul foto „Bogdan” de la sfârşitul sec. al XIX-lea, unde se lucrează numai la lumina naturală.
Acest muzeul etnografic în aer liber prezintă patrimoniul de arhitectură populară din judeţul Covasna, inclusiv stâlpi funerari de piatră şi de lemn, respectiv meşteşuguri populare tradiţionale şi valoroase expoziţii de artă populară şi de istorie locală. Colecţiile de maşini agricole şi de sobe din fontă sunt unice în felul lor. Muzeul este vestit şi datorită şcolii populare de artă organizată de instituţie.
Gestionează şi expune mărturii din domeniul istoriei mineritului şi breslelor, precum şi colecţii de istorie locală. Deţine piese rare din produsele glăjăriilor din Ţinutul Secuiesc şi ale olarilor din Bazinul Baraolt. În prezent se lucrează la expunerea corespunzătoare a scheletului de mastodont, de trei milioane de ani, descoperit recent în cariera de lignit de la Racoşul de Sus.
Prezintă o colecţie unică din arta populară a maghiarilor din Moldova şi despre viaţa cotidiană a acestor comunităţi. Porturile populare, produsele meşteşugăreşti, interioarele tradiţionale mobilate caracteristic ne dau şansa să aruncăm o privire asupra modurilor de trai a comunităţilor din satele ceangăieşti. Alături de această expoziţie o veche casă secuiască găzduieşte şi o bogată colecţie de etnografie şi istorie locală din Zăbala.
